Stefanie Prenn studierte Cello bei Georg Baich, Tobias Kühne, Maarten Mostert, Dmitri Ferschtmann und Reinhard Latzko und schloss ihre Studien 2013 an der Universität für Musik in Wien mit Auszeichnung ab. Zusätzlich absolvierte sie zahlreiche Meisterkurse (u. a. bei  Sandor Vegh, Natalia Gutman, Valter Despalj, Heidi Litschauer, Quirine Viersen) und arbeitete mit dem Komponisten Georg Nussbaumer zusammen.

Sie ist Preisträgerin bei nationalen und internationalen Cellowettbewerben (u. a. Mravinskij Wettbewerb in St. Petersburg, Internationaler Rundfunkwettbewerb Concertino Praga) und erhielt zahlreiche Stipendien (u. a. Carl Michael Ziehrer Stiftung, Förderung des Österreichischen Bundeskanzleramtes,Lina und Thyll Dürr Stiftung, STARTStipendium). Sie spielte mit verschiedenen Kammermusikformationen (u. a. Ensemble xxj, Solistenensemble Kaleidoskop) und Orchestern (u. a. Gustav Mahler Jugendorchester, Orchestra Mozart, Orchester der Wiener Volksoper, Radio-Sinfonieorchester Wien, Bühnenorchester der Wiener Staatsoper, Bruckner Orchester Linz). Sie ist Mitglied des Ensembles Platypus  und des exxj. Seit 2016 ist sie Assistentin in der Klasse von Reinhard Latzko an der Universität für Musik und darstellende Kunst Wien.